Его больше влекла музыка, чем он и занимался довольно продолжительное время. В пятнадцатилетнем возрасте, вместе с товарищем по интересам Р. Хичкоком, основал музыкальную группу названую «Television Personalities» и отправился на гастроли по Великобритании, ну а в «Light a Big Fire», в ирландской музыкальной группе подвизался в качестве барабанщика. Музыкальная карьера будущего телевизионного злодея длилась до двадцати восьмилетнего возраста, но переезд в США, предопределил дальнейшую судьбу и Марк пошёл дорогой отца. В 1992 году Шеппард младший, снялся в небольшом эпизоде в телевизионном сериале «Шёлковые сети». Что примечательно, уже 2-я роль, в фильме «Во имя отца» режиссёра Джима Шеридана, принесла начинающему актёру славу и всеобщее признание. Эта кинолента получила всеобщее одобрение как у зрителей, так и у кинокритиков. Можно считать, что именно роль в картине «Во имя отца» стала для Марка Шеппарда ключевой и открыла дорогу в Голливуд.
Начиная с 1994 года, трудолюбивый, талантливый актёр, стал востребованным в самых различных телевизионных проектах, постепенно переходя от второстепенных ролей к ключевым. Главная роль в сериале «Солдаты удачи» (1997- 1999 гг.) принесла Марку не только славу, но и большое количество поклонников его таланта. С этого момента, фильмы и сериалы с участием Марка Шеппарда начали выходить всё чаще, а актёр с воодушевлением брался за все предлагаемые роли (в основном, отрицательные). Злодеев Марк играл качественно, с душой, так, что порой вызывал симпатию и восторг у зрителей. В 2001 году, актёр попробовал свои силы в качестве режиссёра, сняв триллер «Комната 101» куда на главную роль пригласил Уильяма Моргана Шеппарда — своего отца. На тот момент Марку было 37 лет.
2005 год, принёс актёру две яркие, запоминающиеся роли: 1. В популярном сериале «Доктор Кто», он сыграл на пару со своим отцом. Они изображали одного героя — Кантона Делавэра, только в разной возрастной категории; 2. В мистическом, теперь уже долгоиграющем проекте «Сверхъестественное» - демон Кроули.
В 2004 году актёр связал себя узами брака с Джессикой Марк, обзавёлся двумя детьми, но спустя 10 лет, семья распалась. Шеппард начал отношения с Сарой Фудж, ну а после того, как она сообщила всему свету что ждёт ребёнка, пара объявила о помолвке. В марте 2016 у них родилась девочка — Изабелла Роуз. Марк продолжает сниматься в фильмах и сериалах и считается не только талантливым режиссёром, но и прекрасным актёром, умеющим запоминать текст больших ролей за малый срок.